El nombre de Guadalix tiene su orígen en el vocablo árabe 'río de los alisos'.
El municipio se formó con la repoblación de gente de Segovia en tiempos de Alfonso X. Desde el siglo XIV hasta el XIX perteneció a Manzanares el Real, siendo su principal medio de subsistencia la lana.
La construcción del embalse anegó la ermita de la Virgen del Espinar, centro de gran devoción cuya imagen se encuentra hoy día en la ermita nueva.
La Iglesia de San Juan Bautista, del siglo XVI. Posee un torreón gótico de tres cuerpos y una bella portada perteneciente al gótico isabelino.
Hace poco más de treinta años Guadalix era un pequeño pueblecito de la sierra madrileña. Desde entonces han proliferado los chalets y viviendas unifamiliares.
El antiguo centro de Guadalix que rodea a la iglesia de San Juan Bautista todavía conserva cierto encanto. Uno de los principales atractivos de Guadalix es la cercanía al embalse artificial de Pedrezuela, inaugurado en 1967.